1 czerwca 2003 roku w wyniku przekształcenia Głównego Inspektoratu Kolejnictwa powstał Urząd Transportu Kolejowego. Tym samym w tym roku minęło 15 lat od tego momentu.
Nowy centralny organ administracji rządowej powołano został jako właściwy w sprawach regulacji transportu kolejowego, licencjonowania przewozów kolejowych, nadzoru technicznego nad eksploatacją i utrzymaniem linii kolejowych, pojazdów kolejowych oraz bezpieczeństwa ruchu. Te kompetencje nie dotyczyły jednak metra. W kolejnych latach wraz z nowelizacjami ustawy o transporcie kolejowym dochodziły nowe kompetencje Prezesa UTK. Autoryzacja i kontrola jednostek notyfikowanych oraz orzekanie o okolicznościach wyłączających stosowanie TSI. Prowadzenie spraw związanych z certyfikatami i autoryzacjami bezpieczeństwa. Nadzór nad prawami pasażerów i wydawanie licencji maszynistów.
Od 2013 roku Prezes UTK wydaje również certyfikaty dla podmiotów odpowiedzialnych za utrzymanie wagonów towarowych (ECM), co związane jest z przeprowadzaniem audytów każdego wnioskodawcy. W 2012 roku rozpoczęto w UTK wydawanie licencji na zmienionych zasadach, zgodnych z wymaganiami prawa Unii Europejskiej.
Nowelizacja ustawy o transporcie kolejowym z 2016 roku wprowadziła wiele istotnych zmian dla funkcjonujących na rynku kolejowym. M.in. pojawiły się nowe podmioty, np. aplikant oraz operator obiektów infrastruktury usługowej. W związku ze zmianami nowe kompetencje zyskał też Prezes UTK. Obecnie Prezes UTK jest centralnym organem administracji rządowej, krajową władzą bezpieczeństwa i krajowym regulatorem transportu kolejowego w rozumieniu przepisów Unii Europejskiej z zakresu bezpieczeństwa, interoperacyjności oraz regulacji transportu kolejowego.
