Stacja Muzeum zakończyła renowację wagonu-cysterny budowy niemieckiej z przełomu lat 20. i 30. XX-wieku.
Wagon został zbudowany na zamówienie nieustalonej firmy niemieckiej. Jako tzw. wagon „prywatny”, włączony został do taboru kolei niemieckich DRG, a po roku 1945 został przejęty przez PKP.
W latach 50. cysterna trafiła zaś do taboru wewnętrznego PKP. Zyskała numer inwentarzowy PKP 0958 633. W latach siedemdziesiątych XX wieku wagon oznaczony został nowym numerem PKP 881 041 oraz serią Xr. W tym czasie wagon służył do przewozu oleju napędowego. Pozostawał w dyspozycji Lokomotywowni Łuków, na terenie ówczesnej Centralnej DOKP. Po wycofaniu wagonu z eksploatacji, Lokomotywownia Łuków przekazała go w 1996 roku do Muzeum Kolejnictwa w Warszawie.
Stacja Muzeum jest samorządową instytucją kultury, wpisaną do rejestru instytucji kultury prowadzonego przez Samorząd Województwa Mazowieckiego. Została powołana wspólnie przez Samorząd Województwa Mazowieckiego i Polskie Koleje Państwowe S.A.
Stacja Muzeum przejęła zbiory po zlikwidowanym z dniem 31 marca 2016 r. Muzeum Kolejnictwa w Warszawie. Obecną siedzibą Stacji jest dawny dworzec Warszawa Główna Osobowa, który znajduje się przy ul. Towarowej 3, na styku trzech warszawskich dzielnic: Woli, Śródmieścia, a także Ochoty.