Kontrola wykazała także, że nie wszystkie trudności, które wystąpiły w realizacji programu, przewidziano na etapie jego tworzenia. Zauważyć można, że w treści WPIK zamieszczono analizę zagrożeń realizacyjnych dla programu, które mogły powodować opóźnienia w realizacji projektów na skutek opóźnień w uzyskaniu prawa do nieruchomości na cele budowlane czy konieczności aktualizacji wcześniejszych opracowań lub zaburzeń w procesie finansowania. Problemy i opóźnienia miały jednak miejsce już na etapie przygotowania i ustanowienia WPIK.
Było to efektem braku uzgodnień międzyresortowych dotyczących w szczególności finansowania jego realizacji, co spowodowało wydłużenie procedury ustanowienia programu. Podczas kontroli wykazano także, że PKP Polskie Linie Kolejowe SA, począwszy od 2011 r. nie była organizacyjnie i technicznie w pełni przygotowana do podjęcia programu i jego zrealizowania. Nie przygotowanie dotyczyło obszarów organizacyjnych i kadrowych a zatem nie było możliwości terminowej realizacji zadań inwestycyjnych, jak i efektywnego wykorzystywania środków funduszy UE. Taki stan rzeczy unaocznia wysoki udział inwestycji, dla których na różnych etapach realizacji wystąpiły opóźnienia (70 spośród 153 zadań) i znacząca liczba zadań, dla których wystąpiły opóźnienia w trakcie przygotowania ich realizacji (37 zadań), w szczególności na etapie uzyskiwania decyzji administracyjnych (spowodowane wielokrotnym uzupełnianiem dokumentacji i poprawianiem wniosków o wydanie decyzji).
PKP PLK SA nie osiągnęła w pełni podstawowych celów sformułowanych w programie. Między innymi nie uzyskano na liniach sieci TEN- -T pełnej interoperacyjności, jak również nie uzyskano pełnego dostosowania infrastruktury kolejowej do standardów określonych umowami AGC i AGTC23. Założone wskaźniki i mierniki, według stanu na dzień 31grudnia 2015 r., zostały zrealizowane w zakresie od 35% (osiągnięta długość występowania maksymalnej prędkości 200 km/h) do 90% (zrealizowana długość torów szlakowych i głównych zasadniczych), przy czym zrealizowano 83% zaplanowanej liczby obiektów inżynieryjnych i uzyskano zwiększenie prędkości pociągów o co najmniej 30km/h na 54% zaplanowanej długości torów. W rezultacie niewykonania pełnego zakresu rzeczowego ujętego w WPIK, na realizację inwestycji nie wydatkowano 28% zaplanowanych w programie środków finansowych. Niezadowalający poziom wykonania zadań zaplanowanych w programie w latach 2011 – 2013 zadań spowodował złożenie przez PKP PLK SA wniosku o wprowadzenie zmian w WPIK.
Argumentowano w nim konieczność ograniczenia planowanego zaangażowania środków budżetu państwa oraz działania nakierowane na zwiększenie wykorzystania przez Polskę dostępnej alokacji środków funduszy UE. Co ciekawe, mimo niskiego poziomu wykonania zadań w listopadzie 2013 r., zwiększono zadania w nowym planie w zakresie:
długości torów głównych zasadniczych i szlakowych – o 381 km, liczby obiektów inżynierskich – o 786 szt.,
liczby skrzyżowań – o 397 szt., liczby krawędzi peronowych – o 78 szt.,
długości torów szlakowych z maksymalną prędkością 160 km/h – o 617 km oraz długości torów szlakowych z dopuszczalnym naciskiem osi 221 kN – o 1503 km.
