Przebudowa dworca to oprócz poprawy estetyki zmiany istotne dla podróżnych o ograniczonej sprawności ruchowej. Budynek stanie się bardziej dostępny dla wszystkich grup podróżnych dzięki wyeliminowaniu barier architektonicznych i wprowadzeniu szeregu usprawnień. Wśród nich są m.in. dotykowe tablice z planami dworców, oznaczenia w alfabecie Braille`a, ścieżki prowadzące dla osób niewidomych i niedowidzących, urządzenia wzmacniające działanie aparatów słuchowych przy kasach czy obniżenie blatów okienek kasowych dla osób poruszających się na wózkach. W budynku pojawią się również windy.
Dzięki inwestycji dworzec Toruń Wschodni stanie się bardziej przyjazny środowisku naturalnemu. Nowe oświetlenie będzie energooszczędne i sterowane za pomocą automatyki. Ocieplenie budynku od wewnątrz, nowa stolarka okienna i drzwiowa oraz kurtyny powietrzne pozwolą na ograniczenie strat ciepła i zapewnienie komfortu podróżnym. Przy dworcu powstanie zbiornik do zbierania deszczówki, a uzyskana w ten sposób woda, po oczyszczeniu, będzie służyła do spłukiwania dworcowych toalet. Pracę urządzeń i systemów w budynku będzie nadzorować system BMS (Building Management System), co przyczyni się do optymalizacji zużycia energii elektrycznej, cieplnej i wody.
Przemianę przejdzie też bezpośrednie otoczenie dworca. Inwestycja obejmie remont znajdującego się w pobliżu budynku administracyjnego, w którym po renowacji i przystosowaniu do nowych funkcji będą się mieściły hostel oraz lokal gastronomiczny wraz z ogródkiem letnim. Po stronie wschodniej od zabudowań dworcowych powstanie nowy parking z 19 miejscami, w tym dwoma dla osób z niepełnosprawnościami i dwoma dla samochodów elektrycznych. Aranżację przestrzeni wokół dworca uzupełnią nowa nawierzchnia, elementy małej architektury (oświetlenie, ławki, kosze) oraz zieleń. Po obydwóch stronach schodów wejściowych prowadzących do dworca oraz przed budynkiem administracyjnym powstaną nowe klomby. Planuje się tam zasadzić drzewa, krzewy i kwiaty.
Koszt przebudowy dworca Toruń Wschodni to 26,89 mln złotych brutto. Inwestycja jest dofinansowana ze środków z budżetu państwa. Inwestorem są Polskie Koleje Państwowe S.A., projekt przebudowy opracował Transprojekt Gdański sp. z o. o., a wykonawcą prac budowlanych jest Budimex S.A. Planowany termin otwarcia dworca dla podróżnych po przebudowie to druga połowa 2024 roku.
Przebudowa dworców Toruń Wschodni i Toruń Miasto jest częścią realizowanego przez PKP Polskie Linie Kolejowe S.A., Polskie Koleje Państwowe S.A. i Miasto projektu BiT City II.
