Poza bogato zdobioną elewacją wiele pracy poświęcono wnętrzom, w tym w szczególności holowi dworca, który w wyniku II wojny światowej i w latach 60. XX wieku został praktycznie pozbawiony detali architektonicznych. Poza przywróceniem oryginalnej kolorystyki ścian odtworzono dębowe witryny kas biletowych, a także oryginalną stolarkę drzwiową.
Po latach na dworzec wróciły również herby miast pomorskich! Odtworzono je na podstawie archiwalnych materiałów, na ścianach południowej i północnej holu, tuż nad pilastrami (element architektoniczny w formie płaskiego filara, nieznacznie występującego przed lico ściany.). Po lewej stronie od wejścia do holu od strony miasta są to kolejno – herby: Gdańska, Kwidzyna, Lęborka, Szczecinka, a po prawej – Kościerzyny, Słupska, Tczewa oraz Chojnic. Piękna holowi dworca dodają zrekonstruowane witraże. Są one nie tylko wielkoformatowe, wykonane ze szkła katedralnego, ale posiadają również bogatą symbolikę. Witraż wschodni łączy motywy symbolizujące potęgę i otwartość miasta Gdańsk, natomiast zachodni pokazuje siłę kolei. Witraże boczne łączą w sobie geometryczne wzory z motywami kwietnymi. Dworzec to jednak nie tylko, piękne historyczne wnętrza, ale również nowoczesna i funkcjonalna przestrzeń obsługi podróżnych.
Hol
Jej najważniejszą częścią jest hol pełniący jednocześnie funkcję poczekalni. Wokół niego zlokalizowano – za dębowymi witrynami – kasy biletowe, centrum obsługi klienta PKP Intercity, a także InfoDworzec. Tuż przy holu będzie mieścić się kilka lokali handlowych, a kolejne znajdą się w pasażu, po lewej stronie od wejścia głównego. Na parterze i piętrze dworca w jego południowej części znajdzie się posterunek Straży Ochrony Kolei.
Z holu, za pomocą dwóch wind i schodów ruchomych, dostaniemy się na poziom – 1. Znajduje się tam przestronna poczekalnia dla rodziców z dziećmi (wyposażona w zabawki dla dzieci, pufy i mapę z dworcami z całej Polski), toalety oraz lokale na wynajem. Z podziemnego poziomu przejdziemy tunelem na perony (schody, pochylnie) oraz w kierunku centrum miasta – nowym przejściem połączonym z tunelem pod ulicą Podwale Grodzkie. Przestrzeń obsługi podróżnych na dworcu jest w pełni klimatyzowana. Wyposażono ją w również w elektroniczne tablice przyjazdów i odjazdów pociągów, a także nowy system nagłośnienia.
Dworzec Gdańsk Główny – przyjazny niepełnosprawnym
W budynku dworca i jego otoczeniu zlikwidowano również bariery architektoniczne, dzięki czemu stał się on w całości dostępny dla osób z niepełnosprawnościami. Poza ścieżkami prowadzącymi, oznaczeniami w alfabecie Braille’a a także planami dotykowymi dworca w budynku pojawiły się nowe windy. Poza tym zainstalowano w nim pętle indukcyjne przy kasach, czyli urządzenia, z pomocą których z kasjerem może komunikować się osoba korzystająca z aparatu słuchowego. W toaletach zamontowano również instalacje przyzywowe, dzięki którym osoba z niepełnosprawnością czy rodzic z dzieckiem będzie mógł wezwać pomoc w wymagającej tego sytuacji.
Dworzec stał się również bardziej przyjazny środowisku i bezpieczny. W budynku zamontowano pompy ciepła współpracujące z centralami klimatyzacyjnymi, a także energooszczędne oświetlenie. Poza tym postawiono na częściowy odzysk wody deszczowej, a także tej zużywanej w umywalkach i prysznicach, która po podczyszczeniu, będzie używana do spłukiwania m.in. toalet. Gdański Dworzec Główny wyposażono również w system inteligentnego zarządzania budynkiem, który zoptymalizuje zużycie energii elektrycznej, cieplnej i wody. Warto wspomnieć również o nowoczesnych systemach bezpieczeństwa, tj. monitoring, kontrola dostępu czy system sygnalizacji włamania i napadu oraz przeciwpożarowych, w tym instalacji tryskaczowej.
