Pomimo modyfikacji programu i zwiększenia przez Spółkę w roku 2014 i I półroczu 2015 r. skuteczności w realizacji inwestycji nie udało się doprowadzić do pełnej realizacji zaplanowanych zadań. Zgoła inaczej wypadła ocena działań podjętych przez CUPT w zakresie nadzoru i monitorowania procesu przygotowania przez PKP PLK SA projektów inwestycyjnych objętych WPIK, szczególnie w obszarze sporządzania dokumentacji wymaganej dla otrzymania dofinansowania przy ich realizacji ze środków przewidzianych Programem Operacyjnym Infrastruktura i Środowisko. NIK zaznaczył, że weryfikacja wniosków o dofinansowanie, o płatność ze strony CUPT przebiegała prawidłowo.
Kontrolę prawidłowości wydatkowania środków na realizację inwestycji, jakie przeprowadzało Centrum w PLK, także uzyskało pozytywną ocenę. W okresie objętym kontrolą średni czas od wpłynięcia do CUPT Wniosku o Dofinansowanie do zawarcia Umowy o Dofinansowanie został skrócony z ok. 10,5 miesiąca do 5 miesięcy, a czas weryfikacji Wniosku o Płatność skrócono z 83 dni do 59 dni. Nieprawidłowości wykazane przez NIK:
1. Działania ministra właściwego ds. transportu były niewystarczające w zakresie przygotowania WPIK. Przyczyniło się to do opracowania programu, który pomimo wielokrotnych zmian, okazał się niemożliwy do realizacji. Dokonywane zmiany programu miały na celu zwiększenie alokacji środków UE na realizację inwestycji w infrastrukturę kolejową. Pomimo tego nie zostały one wykorzystane w pełnym zakresie.
2. Nie osiągnięto, w terminie do dnia 31 grudnia 2013 r., pełnych efektów realizacji zadań określonych w Programie do roku 2013. Spośród 61 zaplanowanych do zrealizowania zadań nie zrealizowano 30, a 31 zadań zrealizowano z opóźnieniem.
3. Do dnia 31 grudnia 2015 r. PKP PLK SA uzyskała efekty niższe od wielkości określonych do osiągnięcia w Programie (wg poszczególnych mierników), m.in. o: 490 km długości linii kolejowych; 625 km długości torów szlakowych i głównych zasadniczych; 635 szt. obiektów inżynieryjnych; 74 szt. skrzyżowań; 185 szt. krawędzi peronowych.
4. Do końca 2015 r. PKP PLK SA nadal nie osiągnęła w pełni podstawowych celów sformułowanych w WPIK, w szczególności zapewnienia na liniach korytarzowych sieci TEN-T pełnej interoperacyjności oraz budowy i dostosowania nowej infrastruktury zgodnie ze standardami określonymi umowami AGC i AGTC.
5. Minister właściwy ds. transportu nie wyegzekwował od PKP PLK SA rzetelnego wykonywania obowiązków sprawozdawczych określonych w WPIK i związanych z realizacją programu. Spółkaz opóźnieniem przekazywała ministrowi właściwemu do spraw transportu okresowe sprawozdania z wykonania WPIK.
6. Minister właściwy ds. transportu pomimo wiedzy o nieprawidłowościach występujących od początku realizacji programu i zagrożeń w realizacji WPIK, minister nie podejmował skutecznych działań w celu ich eliminacji i nie informował Rady Ministrów o opóźnieniach i zagrożeniach w realizacji WPIK.
7. Centrum Realizacji Inwestycji (CRI) – jednostka organizacyjna PKP PLK SA – której podstawowym zadaniem było zarządzanie procesem realizacji zadań inwestycyjnych przydzielonych przez Zarząd PKP PLK SA, w szczególności w odniesieniu do zadań objętych WPIK, nie zapewniało wykonania zadań ujętych w Wieloletnim Programie Inwestycji Kolejowych w terminach określonych w Programie, co w konsekwencji wpłynęło na nieuzyskanie planowanych efektów rzeczowych w zakresie poprawy parametrów linii kolejowych.
8. W procesie realizacji przez CRI znacznej części zadań inwestycyjnych (8 spośród 44 zbadanych) występowały niedobory kadrowe, które w ocenie NIK mogły przyczynić się do nieterminowej realizacji zadań inwestora.
9. Z opóźnieniami realizowane były zadania obejmujące budowę ujednoliconych europejskich systemów kontroli jazdy pociągu (ETCS) oraz łączności z pociągami (GSM-R), będących składowymi Europejskiego Systemu Zarządzania Ruchem Kolejowym (ERTMS34). Do końca 2013 r. w systemy ERTMS, wyposażono 308 km linii, co stanowiło 38,5 % zaplanowanych na ten okres 800 km linii.
10. W wyniku kontroli wybranych inwestycji objętych WPIK ustalono, że kwota dodatkowych kosztów ich realizacji, poniesionych na skutek błędów w dokumentacji, opóźnień w przekazaniu placu budowy, wydłużenia czasu realizacji inwestycji, zapłaty roszczeń podwykonawców oraz odsetek od nieterminowo dokonywanych płatności, wyniosła łącznie 79.597,1 tys. zł. Na dzień zakończenia kontroli Spółka szacowała możliwy dalszy wzrost kosztów tych inwestycji o kwotę 367.821,1 tys. zł.
11. Spółka niewłaściwie przygotowała realizację zadania inwestycyjnego pt. modernizacja linii kolejowej E75 Rail Baltica Warszawa – Białystok-granica z Litwą, etap I, odcinek Warszawa Rembertów – Zielonka – Tłuszcz (Sadowne) – POIiŚ 7.1-22.1. Brak stosownych uzgodnień z zarządcami infrastruktury drogowej oraz opóźnienia w przygotowaniu i realizacji inwestycji przyczyniły się do rezygnacji z budowy planowanych 5 bezkolizyjnych skrzyżowań z drogami publicznymi na rzecz modernizacji istniejących przejazdów.
12. Z opóźnieniem dokonano zaewidencjonowania majątku trwałego powstałego w wyniku zrealizowania 26 inwestycji oddanych do użytkowania. Czas jaki upłynął od dokonania odbioru inwestycji do zaewidencjonowania środków trwałych wynosił od 52 dni do 831 dni. Przyczyną opóźnionego ewidencjonowania majątku trwałego powstałego w wyniku realizacji inwestycji była wadliwa organizacja pracy w Spółce w tym zakresie. Kontrola wskazała na poprawę działań PKP PLK SA, co zaowocowało w 2014 i I półroczu 2015 r. większą skutecznością w realizacji inwestycji. Zauważono, że w dalszym ciągu usprawnienia wymaga jednak proces przygotowania projektów inwestycyjnych i ich realizacji, stopień absorbcji środków unijnych i nadzór właścicielski nad działalnością PKP PLK SA w zakresie wykonywania obowiązków inwestora w obszarze infrastruktury kolejowej.
