Nowy budynek dworca został zaprojektowany w ten sposób, żeby być obiektem przyjaznym wszystkimi grupom podróżnych, w tym osobom o ograniczonej sprawności ruchowej. Dlatego już na etapie projektowania wyeliminowano potencjalne bariery architektoniczne oraz wprowadzono szereg usprawnień dla tej grupy podróżnych. Wśród nich są ścieżki prowadzące w budynku dworca i jego bezpośrednim otoczeniu, oznaczenia w alfabecie Braille`a, kontrastowa kolorystyka wnętrz oraz tablice dotykowe z planem dworca.
Innowacyjny Dworzec Systemowy w Pruszczu Gdańskim będzie również ekologiczny i bezpieczny. W budynku zostanie zainstalowane energooszczędne oświetlenie wraz z automatyką sterującą. Na dachu zaprojektowano 24 panele fotowoltaiczne do wytwarzania „zielonej energii”. Komfort termiczny w budynku zapewnią odpowiednio dobrane materiały budowlane o niskim współczynniku przenikalności cieplnej, a także pompy ciepła powietrze-powietrze służące ogrzewaniu budynku. Pracę całości urządzeń i instalacji na dworcu będzie nadzorował system BMS (Building Management System) odpowiadający również za optymalizację zużycia mediów. Istotnym elementem inwestycji jest poprawa bezpieczeństwa osób i mienia, w tym montaż nowych systemów: monitoringu, kontroli dostępu, sygnalizacji włamania i napadu oraz przeciwpożarowych.
Zmieni się aranżacja bezpośredniego otoczenia dworca oraz organizacja ruchu. Na nowo zostaną wytyczone chodniki oraz droga, a także tereny zielone. Tuż przy dworcu zaprojektowano po dwa miejsca parkingowe dla osób z niepełnosprawnościami i samochodów elektrycznych oraz aż 15 stojaków rowerowych wraz ze słupkiem naprawczym (poza pięcioma znajdującymi się pod wiatą dworcową). Aranżację przestrzeni wokół budynku uzupełnią elementy małej architektury (ławki, kosze, oświetlenie).
Prace budowlane związane z budową nowego dworca w Pruszczu Gdańskim ruszą w lipcu bieżącego roku, a planowany termin zakończenia inwestycji to pierwsza połowa 2023 roku. Łączny koszt przedsięwzięcia wyniesie ok. 7,3 mln złotych brutto. Wykonawcą prac budowlanych na dworcu jest firma PBE Elbud Gdańsk S.A., natomiast dokumentację projektową opracowała pracownia architektoniczna MERITUM PROJEKT Marek Myrcik.