W trosce o bezpieczeństwo podróży, PKP Intercity ściśle kontroluje poziom zajętości miejsc nie tylko w poszczególnych relacjach, ale także na każdym odcinku podróży. Dlatego też cały czas obowiązkowa jest rezerwacja miejsc we wszystkich kategoriach pociągów.
PKP Intercity funkcjonuje w reżimie sanitarnym, dążąc do zapewnienia bezpieczeństwa podróżnym i pracownikom. Od dnia, w którym potwierdzono pierwszy przypadek zakażenia koronawirusem w Polsce, do końca października pociągi PKP Intercity przewiozły ponad 16 mln osób i do tej pory nie odnotowano przypadku, w którym zakażenie byłoby następstwem podróży pociągiem.
Na pokładach pociągów obowiązuje zakrywanie ust i nosa podczas trwania całej podróży. Każdy skład przewoźnika jest dezynfekowany i czyszczony po zakończeniu przejazdu. Od marca do końca października 2020 r. wykonano ponad 260 tysięcy dezynfekcji.
Kierownicy pociągów i konduktorzy są wyposażeni w środki ochrony indywidualnej i utrzymania higieny osobistej – maseczki i rękawiczki ochronne oraz żele do mycia i dezynfekcji rąk. Ich kontakt z podróżnymi podczas kontroli biletów, dzięki wykorzystaniu nowoczesnych terminali konduktorskich, odbywa się z zachowaniem bezpiecznego dystansu.