Inwestycja została realizowana w ramach autorskiego projektu PKP S.A., czyli w formule Innowacyjnych Dworców Systemowych. Zakłada ona budowę nowoczesnych parterowych budynków, w których stosowane są proekologiczne rozwiązania. Innowacyjne Dworce Systemowe najczęściej zastępują duże, niefunkcjonalne budynki, które nie odpowiadają już współczesnym wymaganiom podróżnych i są kosztowne w utrzymaniu. Tego typu obiekty powstają też na stacjach i przystankach, na których nie było wcześniej dworców.
Przebudowa dworca PKP w Bielsku Podlaskim została współfinansowana ze środków Unii Europejskiej, w ramach Programu Operacyjnego Polska Wschodnia. Wartość inwestycji wynosi 11 545 683,06 mln zł brutto. Generalnym wykonawcą robót budowlanych jest lokalna firma Pożarski Budownictwo Sp. z o.o.
