Rozszerzone i wzmocnione zostały kompetencje Prezesa UTK. Przyznano np. uprawnienia do wydawania decyzji zastępujących umowy o dostęp do infrastruktury kolejowej, certyfikatów bezpieczeństwa w części A (akceptującej system zarządzania bezpieczeństwem) i w części B (tzw. części sieciowej). Od 2011 r. Prezes UTK podejmował działania zmierzające do zapewnienia ciągłości i stabilności bezpiecznych przewozów kolejowych w warunkach swobodnej konkurencji. Skutkowały one wzrostem wiedzy i szerokim uczestnictwem odbiorców usług oraz organizacji społecznych w postępowaniach z zakresu zatwierdzania stawek dostępu do infrastruktury kolejowej (w ostatnich latach również w charakterze stron postępowania).
Ochrona praw pasażerów
Utworzono departament zajmujący się ochroną praw pasażerów. Pracownicy urzędu podejmują od tego czasu wiele akcji informacyjnych o ochronie praw podróżujących koleją. Ich celem jest zwiększenie wiedzy pasażerów o zagrożeniach i przysługujących im prawach. Od 2017 r., w wyniku wprowadzenia unijnych zasad pozasądowego rozwiązywania sporów (ADR) do polskiego systemu prawnego, przy Prezesie UTK działa Rzecznik Praw Pasażera Kolei. Pomaga on w pozasądowym rozstrzyganiu sporów pasażerów z przedsiębiorstwami kolejowymi.
W 2012 r. rozpoczęto w UTK wydawanie licencji na zmienionych zasadach, zgodnych z wymaganiami prawa Unii Europejskiej. Od 2013 r. Prezes UTK wydaje również certyfikaty dla podmiotów odpowiedzialnych za utrzymanie wagonów towarowych (ECM), co związane jest z przeprowadzaniem audytów każdego wnioskodawcy. Nowelizacja ustawy o transporcie kolejowym z 2016 r. wprowadziła wiele istotnych zmian dla funkcjonujących na rynku kolejowym, m.in. pojawiły się nowe podmioty, np. aplikant oraz operator obiektów infrastruktury usługowej. W związku ze zmianami nowe kompetencje zyskał też Prezes UTK. Była to m.in. kadencyjność i podległość pod Prezesa Rady Ministrów.
Otwarty Urząd
Od 2016 r. w urzędzie zmieniło się także podejście do rynku. Prezes UTK tworzy otwarty urząd – wspiera przedsiębiorców i rozwiązuje problemy wspólnie z rynkiem. Jedną z najcenniejszych inicjatyw obejmujących szerokie grono spółek kolejowych jest Deklaracja w sprawie rozwoju kultury bezpieczeństwa oraz Konkurs kultury bezpieczeństwa. Ich głównym założeniem jest wdrożenie zasad kultury bezpieczeństwa w transporcie kolejowym oraz zachęcenie wszystkich przedsiębiorców działających w branży kolejowej do poprawy bezpieczeństwa polskiego transportu kolejowego jako wartości nadrzędnej oraz kluczowego warunku dla zrównoważonego rozwoju branży kolejowej. Deklaracja została dotychczas podpisana przez 267 przedstawicieli rynku kolejowego.
W 2017 r. przy wsparciu Funduszy Europejskich powstała Kampania Kolejowe ABC. To ogólnopolska kampania informacyjno-edukacyjna skierowana do dzieci w wieku przedszkolnym i szkolnym ze szkół podstawowych (klasy I-VI) oraz ich wychowawców i nauczycieli. Jej celem jest propagowanie zasad bezpieczeństwa oraz wartości i wzorców związanych z odpowiedzialnym zachowaniem się podczas korzystania z transportu kolejowego, a także podczas poruszania się na obszarach stacji, przystanków i przejazdów kolejowych. Od tego czasu realizowane są spotkania branżowe z ekspertami w ramach inicjatywy „Piątki z UTK”. W trakcie spotkań z ekspertami UTK można bezpłatnie omówić zagadnienia dotyczące interpretacji przepisów, nieprawidłowości wykazanych podczas kontroli czy zasad nadzoru nad pracą komisji kolejowych.
Dokumentacje planistyczne
W 2019 r. Prezesowi UTK przyznano nową kompetencję dotyczącą uzgadniania dokumentów planistycznych, w tym planów zagospodarowania przestrzennego województwa, miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego, decyzji o warunkach zabudowy i decyzji o ustaleniu lokalizacji inwestycji celu publicznego. Właściwość Prezesa UTK w tym zakresie dotyczy wyłącznie gruntów przyległych do linii kolejowej o znaczeniu państwowym.
