Pomimo tego pojawiły się jednak istotne nieprawidłowości, które zachwiały ogólnie pozytywną oceną wystawioną przez kontrolerów Niedomagania polegały zatem na:
• nierzetelnym nadzorze sprawowanym nad przewoźnikami w zakresie wykonywania przez nich regionalnych pasażerskich przewozów kolejowych na liniach regularnych. Działania w tym zakresie były ograniczone do przeprowadzania kontroli dotyczących zapewnienia przez przewoźników komfortu podróży i ewentualnie punktualności;
• niekontrolowaniu wywiązywania się przez operatorów z rozpatrywania skarg i reklamacji pasażerów;
• niewywiązywaniu się w pełni z obowiązku zapewnienia odpowiednich warunków funkcjonowania publicznego transportu zbiorowego, w szczególności w zakresie standardów dotyczących przystanków komunikacyjnych i dworców;
• niezapewnieniu funkcjonowania zintegrowanego systemu taryfowo- biletowego;
• nierzetelnym i nieterminowym wywiązywaniu się z obowiązków informacyjnych w zakresie publicznego transportu zbiorowego, czym naruszano przepisy art. 49 uptz. Ustalenia kontroli wskazują, że marszałkowie często wypełniali rubryki obowiązującego formularza do przekazywania tych informacji określeniem „brak danych”, co oznacza, że minister otrzymywał informacje niepełne. Minister nie występował do marszałków o uzupełnienie tych informacji.
W rezultacie kontroli Najwyższa Izba Kontroli przekazała wnioski do Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego ( o spowodowanie, by dyrektorzy Oddziałów Terenowych UTK na bieżąco informowali właściwego marszałka o stwierdzonych w wyniku kontroli operatora nieprawidłowościach w zakresie stanu technicznego taboru kolejowego używanego do świadczenia usług publicznego transportu zbiorowego) oraz Ministra Infrastruktury i Budownictwa (o egzekwowanie od marszałków województw rzetelnego wypełniania obowiązków sprawozdawczych w zakresie publicznego transportu zbiorowego). Poza wnioskami o charakterze systemowym, Najwyższa Izba Kontroli sformułowała wnioski pokontrolne do marszałków wszystkich badanych województw.
W związku z ustaleniami kontroli i stwierdzonymi nieprawidłowościami NIK skierowała do kierowników skontrolowanych jednostek 28 wniosków pokontrolnych, które dotyczyły:
• planowania publicznego transportu zbiorowego – dostosowania planu transportowego do wymogów dotyczących oceny i prognozy potrzeb przewozowych z uwzględnieniem gęstości zaludnienia, a także zapewnienia dostępu do publicznego transportu zbiorowego osobom niepełnosprawnym oraz osobom o ograniczonej zdolności ruchowej; aktualizacji planu transportowego w części dotyczącej kolejowych linii komunikacyjnych, na których ma być organizowany publiczny transport zbiorowy;
• organizowania publicznego transportu zbiorowego – zapewnienia zawierania umów z operatorami w obowiązujących terminach i zgodnych ze standardami przyjętymi w planie transportowym; ustalania opłat za przewóz oraz innych opłat za usługę świadczoną przez operatora w zakresie publicznego transportu zbiorowego; ustalania zasad podziału kosztów na różne rodzaje działalności przewozowej z uwzględnieniem podziału kosztów bezpośrednich, dotyczących przestojów pociągów i kosztów pracowniczych za czas pracy niezwiązany z obsługą pociągów; ustalenia reguły, by rekompensata była zależna od podatku dochodowego związanego wyłącznie ze świadczeniem usług publicznego transportu zbiorowego; ustalania premii efektywnościowej zależnej od efektywności usług przewozowych; nakładania kar pieniężnych w każdym przypadku stwierdzenia naruszenia przez przewoźnika obowiązków lub warunków przewozu kolejowego; zapewnienie odpowiednich warunków funkcjonowania publicznego transportu zbiorowego, w szczególności poprzez trwałe wyposażenie przystanków komunikacyjnych w obowiązujące rozkłady jazdy i ich właściwe oznakowanie;
• zarządzania publicznym transportem zbiorowym – opracowania i wdrożenia procedur postępowania w zakresie realizacji wszystkich zadań przypisanych organizatorowi przepisami uptz; zapewnienia nadzoru nad rozpatrywaniem skarg otrzymywanych przez przewoźników oraz terminowym wykonywaniem zakładanych w DSU napraw i przeglądów taboru;
rzetelnego dokumentowania wyników prowadzonych kontroli;
przeprowadzania kontroli dokumentów potwierdzających wysokość utraconych przychodów i poniesionych przez operatorów kosztów w związku ze świadczonymi przez nich usługami kolejowych przewozów publicznych;
uruchomienia spójnego i zintegrowanego systemu informacji dla pasażerów oraz administrowania tym systemem;
przyjmowania rozliczenia rekompensaty tylko po spełnieniu przez operatora ustalonego w umowie warunku sine qua non; wypełniania obowiązków w zakresie upubliczniania sprawozdań i informacji.
