W efekcie instytuty badawcze oddolnie określały dla siebie wyzwania, problemy do rozwiązania i kierunki rozwoju. Poza nielicznymi pozytywnymi przykładami, taka sytuacja zaowocowała „dryfem rozwojowym”, a w skali całego systemu – zauważalną nieefektywność wykorzystania zasobów oraz powielaniem inwestycji i obszarów działań. Pomimo sukcesów odnoszonych tak przez pojedyncze instytuty badawcze, jak i projekty naukowe, które niejednokrotnie udawało się zrealizować na europejskim poziomie, po ponad pięciu latach funkcjonowania instytutów badawczych w nowym otoczeniu prawnym, ministerialni specjaliści stwierdzili, że reforma nie przyniosła zakładanych rezultatów. Wręcz przeciwnie – istotnie pogłębiła rozproszenie działalności naukowej instytutów badawczych oraz związanej z nią obsługi procesów (zakupy, usługi, transfer technologii itd.).
Działalność instytutów badawczych Aktualnie funkcjonuje sto czternaście instytutów badawczych, które prowadzą badania w niemal wszystkich obszarach nauki – począwszy od nauk technicznych i ścisłych, przez przyrodnicze, rolnicze i medyczne, aż po nauki społeczne. Instytuty badawcze są zlokalizowane głównie w sześciu województwach (mazowieckie, śląskie, łódzkie, wielkopolskie, lubelskie i małopolskie), przy czym zdecydowanie najwięcej mieści się w Warszawie (sześćdziesiąt instytutów). Według analizy przeprowadzonej przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego taka mnogość instytutów badawczych, pozbawionych jednego, centralnego systemu zarządzania, prowadzi do znaczącego rozproszenia zasobów. Instytuty nie są w stanie osiągnąć „efektu skali”, co skutkuje niewielką liczbą wartościowych projektów (szczególnie z komponentem międzynarodowym), nieefektywną polityką zakupową, ułomną obsługą procesów komunikacji z rynkiem i zarządzania własnością intelektualną. Odrębne organizacje nie uczą się od siebie, a brak koordynacji zakupów powoduje nieefektywność m.in. w zakresie wykorzystania aparatury naukowo- -badawczej. Znaczna część instytutów badawczych jest zupełnie nieefektywna w obszarze pozyskiwania patentów. Aż trzydzieści dwa instytuty (28,1 proc. ogółu) w latach 2009 – 2015 nie uzyskały ani jednego patentu. W 2015 r. wynik lepszy od całego sektora instytutów badawczych (367) uzyskały cztery uczelnie techniczne o największej licznie uzyskanych patentów (429).
Za niezadowalające specjaliści uznali również przychody instytutów z realizacji usług badawczo- rozwojowych (B+R). Analitycy stwierdzili ponadto, że instytuty badawcze w przeważającej części nie są wystarczająco konkurencyjne na rynku międzynarodowym. W 2015 r. trzydzieści pięć instytutów nie uzyskało żadnych środków z grantów międzynarodowych, a dziewięć uzyskało jedynie niewielkie wsparcie z tego źródła (kilkanaście do kilkudziesięciu tys. złotych). W Horyzoncie 2020, najważniejszym programie grantowym w Unii Europejskiej, finansowanie zdobyło zaledwie trzydzieści sześć instytutów badawczych (31,6 proc.), przy czym w przypadku dwudziestu dwóch mowa o udziale tylko w jednym projekcie. Niedostateczna aktywność międzynarodowa instytutów badawczych przejawia się także niewielką liczbą zatrudnianych naukowców z zagranicy. Łącznie w grupie pracowników naukowych, badawczo-technicznych i inżynieryjno-technicznych jest ich pięćdziesięciu pięciu, czyli mniej niż 0,5 proc. ogółu. Statystyka ta pokazuje, że instytuty badawcze nie są atrakcyjnym miejscem pracy dla zagranicznych przedstawicieli nauki. Rozwiązania i propozycje Wszystkie powyższe problemy ma rozwiązać powołanie Narodowego Instytutu Technologicznego – zintegrowanej organizacji o charakterze macierzowym.