Kontrola NIK wykazała również, że zarządcy linii kolejowych bez należytej staranności wykonywali okresowe kontrole przejazdów, kładek i przejść podziemnych, nie ustalając prawidłowo ich stanu technicznego i nie usuwając bezzwłocznie ujawnionych uszkodzeń. Uchybienia te dotyczyły również bezkolizyjnych przejść przez tory (kładki i przejścia podziemne), które nie były należycie utrzymywane i znajdowały się w złym stanie technicznym. W 61 pośród 75 skontrolowanych kładek (81%) oraz 29 spośród 53 przejść podziemnych (55%) stwierdzono różnego rodzaju usterki i uszkodzenia. Blisko w 50% zarządców dróg nie przygotowało wymaganych prawem projektów organizacji ruchu na drogach dojazdowych do przejazdów kolejowych. Zarządcy dróg nie utrzymywali w odpowiednim stanie technicznym dróg dojazdowych do skrzyżowań z liniami kolejowymi. Spośród 64 skontrolowanych dróg dojazdowych do przejazdów kolejowych, ponad połowa miała złą nawierzchnię jezdni, a w blisko 1/3 rosnące krzewy i drzewa ograniczały widoczność przejazdów oraz widoczność czoła nadjeżdżającego pociągu.
W ramach kontroli stwierdzono także, że zarządcy dróg nie przeprowadzali wymaganych prawem okresowych kontroli stanu technicznego i ocen przydatności do użytkowania dróg dojazdowych do przejazdów kolejowych oraz nie przeprowadzali pomiarów natężenia ruchu pojazdów drogowych na przejazdach kolejowych. Wspomniane zaniechania spowodowały, że niemożliwym było przeprowadzenie weryfikacji i zmiany kategorii przejazdów kolejowo-drogowych oraz dokonanie ich zabezpieczenia w sposób adekwatny do zagrożeń wynikających z aktualnego natężenia ruchu. Główną przyczyną tego stanu rzeczy był brak współpracy pomiędzy zarządcami dróg i zarządcami linii kolejowych. Niestety NIK negatywnie ocenił także organy zarządzające ruchem na drogach. Nie wywiązały się one z nałożonych na nie zadań związanych z zapewnieniem bezpieczeństwa na przejściach i przejazdach kolejowych, zwłaszcza polegających na przeprowadzaniu kontroli zarządców dróg w zakresie wprowadzenia i stosowania organizacji ruchu na drogach dojazdowych do przejazdów. Zauważono w tym wypadku również niewłaściwe prowadzenie ewidencji zatwierdzonych projektów organizacji ruchu na drogach z przejazdami kolejowymi, co znacznie utrudniało monitorowanie przestrzegania organizacji ruchu drogowego. Z pozytywną ocena spotkał się natomiast nadzór Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego.
Kontrolerzy NIK zaznaczyli, że rzetelnie sprawował nadzór nad utrzymaniem i stanem technicznym skrzyżowań linii kolejowych z drogami publicznymi (w tym dzikich przejść) oraz prawidłowością prowadzenia dokumentacji technicznej przejazdów przez zarządców infrastruktury kolejowej. W 2015 r. UTK przeprowadził w powyższych obszarach ponad 200 działań, w trakcie których zweryfikowano stan 459 przejazdów kolejowo-drogowych. Większość działań nadzorczych realizowanych w 2015 r. na przejazdach kolejowych zakończyła się stwierdzeniem nieprawidłowości, a Prezes UTK wydawał zalecenia dotyczące ich usunięcia. Nieprawidłowości stwierdzone przez NIK w każdym obszarze wpływały negatywnie na poziom bezpieczeństwa na przejściach i przejazdach kolejowych. Widoczne to jest w momencie badania wskaźnika Krajowej Wartości Referencyjnej (NRV), który określa ryzyko bezpieczeństwa dla użytkowników przejazdów kolejowych. W 2015 roku pogorszył się on aż o 25,7 punktów procentowych. Osiągnął zatem 94% i niebezpiecznie zbliżył się maksymalnego dopuszczalnego poziomu czyli 100%. Wskaźnik ten wzrósł pomimo tego, że zmalała liczba przejazdów, czyli jednych z najbardziej niebezpiecznych miejsc na kolei (o 1,2% w stosunku do 2014 roku) oraz liczba wypadków na przejazdach (o 3,7%).
